程序放到2003服务器上的问题

两个网站，在本机调试一切正常，挂到服务器上去的时候。一个是新建网站设置目录，另一个是直接在这个网站下建虚拟目录，但虚拟目录下的那个网站却直接读的是上面那个的web.config文件，然后再读自己的。
两个网站是不同人做的，web.config文件内容不同，要上面那个正常的话，下面那个就会报错。下面那个正常，上面的有些功能无法使用。
请问有什么办法可以解决不？
让两个网站都读自己的web.config