asp.net项目制作安装程序问题

Question

创建了一个较大的网站项目，网站项目中有多级文件夹和多个文件，在VS.NET2005中可以发布网站，去掉.cs代码文件。 在制作该网站的安装程序时，在文件系统里添加网站项目文件，有两种添加方式，一种是选择网站项目添加项目输出，另一种是自己创建文件夹并添加文件。 
由于文件夹和文件比较多，每次重新制作安装程序都要发布网站后，重新添加网站内的文件；而第二种方式在生成安装程序时会打包网站项目的cs代码文件。 想问一下，有没有什么好的方式把大型网站项目的文件（不包括cs代码文件）添加到安装项目中？暂时不考虑使用其它软件制作安装程序。