一般有两种思路：1、你应用程序的框架做得好，那么你的程序扩展性就会很好，此时用户只需要在你的框架中进行一些继承并实现一些接口，就可以实现新的功能，这种做法比较传统，也就是常见的支持插件的应用程序。这类程序应用非常广泛，比如支持多种媒体格式的播放器，它允许你自己定义媒体解码库，也是一定程度上的二次开发。2、就是程序中使用脚本引擎，用户可以直接在程序中编程从而达到二次开发的效果。这种做法有点难度，因为你既然支持编程，你必定需要实现调试功能，否则用户没法调试那还是白搭。我以前做了一个文件批处理的软件，就是.NET/C#做的，当然只是练手，它支持批处理逻辑自定义、文件搜索过滤条件自定义以及由脚本支持的动态批处理方式。屏幕截图在：http://www.sunnychen.org/2008/07/02/GuluFileSearchingAndBatchProcessingExpert.aspx，源代码在：http://www.codeplex.com/gulu，如有兴趣您可以了解一下。当然我这不是打广告，事实上这东西的应用面也很窄，只是我为了学习而练手的项目。
你要这个效果，你可以参考一下.NET下的CodeDom相关的知识，比如，如何从文本文件源代码动态编译成Assembly等。