直接调用2003的ca服务器倒是不清楚。
不过你可以利用makecert来实现类似于ca的证书的生成签名等功能。
我之前在项目里做过,事实上是利用了管道来运行makecert.exe 做到的。
具体的做法你参考下:http://www.cnblogs.com/zhifengwu1211/archive/2007/04/27/729360.html;
当然,你也完全可以自己实现一个小型的证书的创建和签名。关键是你要了解各种证书的标准。
x509的话你可以参考 System.Security.Cryptography.X509Certificates 这个名称空间的一些文档。