你的两个配置文件中jndi-name是否相同了?如果mssql中用了<jndi-name>DataSource</jndi-name>,那么在mysql中不要用相同的名字<jndi-name>DataSource_MySQL</jndi-name>调用分别为:
DataSource ds = (DataSource)context.lookup("java:comp/env/jdbc/DataSource");DataSource ds = (DataSource)context.lookup("java:comp/env/jdbc/DataSource_MySQL");