好的工具必不可少
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当然,你也可以考虑用逆向工程的办法把java代码转换成UML,这样也不错。最后当你把大致结构了解了,你可以采用debug的办法跟踪其运行流程。
另外,侯捷的网站上也有他追踪代码的经验文章,虽然大多是针对C++的,但道理其实是一样的。