Windows下jre的目录问题

我把JDK安装在C:\Java目录下，这里存在两个目录C:\Java\jdk1.5.0_06和C:\Java\jre1.5.0_06。现在我的问题是，在C:\Java\jdk1.5.0_06下有C:\Java\jdk1.5.0_06\jre目录，比较C:\Java\jdk1.5.0_06\jre和C:\Java\jre1.5.0_06两个文件夹，基本内容都差不多，只差了一个文件。我现在搞不明白，是否缺省安装下都会有这种重复问题？还是这两个文件夹各有不同的功能？