请教各位sql性能的问题

现在有两个表A,B做innerjoin去关联的，这两个表上建了索引,现在某个特定的条件下执行这句sql速度很慢，explain分析下来发现由于数据分布的问题, mysql对有的条件使用了建的索引，而有些条件的查询并没有用到。
但是如果强制索引，又怕对其他条件的查询产生影响。
请问有没有什么比较好的解决办法