请教个LINUX和WINDOWS兼容问题

菜鸟请教个问题
一个PHP程序在LINUX下使用正常,但在WINDOWS平台下使用点开链接会卡一会儿才显示出来(几秒)
不是设备硬件问题
后来经过测试发现问题如下:1. 把程序放在网站根目录下http://localhost/
   IE8不会变慢,IE6和苹果浏览器变慢.2. 把程序放在网站子目录下http://localhost/XXXX/(这个子目录随便)
   所有浏览器都访问速度正常3. 不能修改程序太复杂也加了密.目标: 把网站放在根下,所有浏览器都不卡.我想着可能是httpd.conf   或是php.ihi 哪里配置有关系吧????,造成这样的问题.请教中.....