The problem is that even though CVSNT can be configured to use a repository 
prefix (step 7b. in the document you provided), it does not always communicate 
the directory relative to this prefix. This makes it impossible for Eclipse to 
work with this mode. If you want to use the advanced features of the Eclips CVS 
client, you will need to disable the prefix and use the full path name when 
specifying the repository location.