怎么对上传了的文件扫毒？

下载站点php程序把作者提交的软件保存到服务器供下载。
怎么方便地对服务器里提交的上万个软件进行扫毒？
现在想到的方法只有把文件全部下载下来本地扫描一遍再登录逐个删除带毒文件。有没有其他方便的办法？