例子 2. parsemoldb.php - 将 moldb.xml 解析到分子(molecular)对象的数组中<?phpclass AminoAcid {
    var $name;  // aa name
    var $symbol;    // three letter symbol
    var $code;  // one letter code
    var $type;  // hydrophobic, charged or neutral
    
    function AminoAcid ($aa) {
        foreach ($aa as $k=>$v)
            $this->$k = $aa[$k];
    }
}function readDatabase($filename) {
    // read the xml database of aminoacids
    $data = implode("",file($filename));
    $parser = xml_parser_create();
    xml_parser_set_option($parser,XML_OPTION_CASE_FOLDING,0);
    xml_parser_set_option($parser,XML_OPTION_SKIP_WHITE,1);
    xml_parse_into_struct($parser,$data,$values,$tags);
    xml_parser_free($parser);    // loop through the structures
    foreach ($tags as $key=>$val) {
        if ($key == "molecule") {
            $molranges = $val;
            // each contiguous pair of array entries are the 
            // lower and upper range for each molecule definition
            for ($i=0; $i < count($molranges); $i+=2) {
                    $offset = $molranges[$i] + 1;
                $len = $molranges[$i + 1] - $offset;
                $tdb[] = parseMol(array_slice($values, $offset, $len));
            }
        } else {
            continue;
        }
    }
    return $tdb;
}function parseMol($mvalues) {
    for ($i=0; $i < count($mvalues); $i++)
        $mol[$mvalues[$i]["tag"]] = $mvalues[$i]["value"];
    return new AminoAcid($mol);
}$db = readDatabase("moldb.xml");
echo "** Database of AminoAcid objects:\n";
print_r($db);?> 在执行完 parsemoldb.php 后,变量 $db 将包含有一个由 AminoAcid 对象组成的数组,该脚本的输出如下:** Database of AminoAcid objects:
Array
(
    [0] => aminoacid Object
        (
            [name] => Alanine
            [symbol] => ala
            [code] => A
            [type] => hydrophobic
        )    [1] => aminoacid Object
        (
            [name] => Lysine
            [symbol] => lys
            [code] => K
            [type] => charged
        ))