运行大型php脚本时遇到了奇怪的mysql无法写入数据的问题

wamp64位，在win2008r2上，i3,3.1Ghz，2g内存脚本主要功能是读取电脑中的一些文件，并根据文件内容在数据库中储存（每个文件都会向表一储存一些内容，如果达到某个要求会再向表二存储一部分其它数据），然后还要生成新文件需要处理的文件实际大小大概在5.3G，但是大部分是1-2kb的小文件，占用空间8G多，所以运行一遍大概要50分钟左右。每次，运行过程中用phpmyadmin查看结果，一开始很正常，但是当表二插入到518行后就再也没办法插入了，而表一也无法继续插入了，但是就在脚本运行的同时，我手工插入成功，两个表都可以，然后清空数据表，还是没有数据插入等脚本运行完，输出结果没有问题。而且新生成文件没有问题，都能正常打开。