怎么设置App_Code的编译顺序

以前一直是做jsp的，刚用.net半年左右。
用.net开发了小型企管项目，由于之前没有积累，自己写的很多工具类代码都放到App_Code文件夹下，后来又写了一些BO和SO的cs类文件，为了便于管理分别放到两个文件夹下了，在web.config中也做了设置；
    <codeSubDirectories>
      <add directoryName="tool"/>
      <add directoryName="so"/>
    </codeSubDirectories>
但问题就来了，由于so文件夹下的类要用到Tool文件夹下的类，竟然报找不到类，后来把Tool文件夹下的文件放到so文件夹下，问题又来了，因为tool文件夹下的类文件互相引用，都开始报找不到类，最后被迫把所有的类文件都放到一个文件夹下了事。    java是根据包来分配类文件的文件夹地址的所以放多少个文件夹也没见到编译器报找不到类的错误。
    .net的App_code就必须有编译顺序的问题么？是不是我的VS哪个地方少设置了什么东东啊？