.NET deployment project allows you to write custom installer class to modify web.config, as show in 
http://msdn.microsoft.com/library/default.asp?url=/library/en-us/dv_vstechart/html/vbtchRedirectingApplicationToTargetDifferentXMLWebServiceDuringInstallation.aspInstallShield allows you to create custom actions (for example, using VBScript). web.config is an xml file, you can create an XML DOM object to add a appSetting node to the file, see a custom action example athttp://support.installshield.com/kb/view.asp?pcode=ALL&articleid=Q107907&ISCS3NL=%3CATT:EMAIL_ID