为什么通过process启动的软件有些功能无法使用，与正常启动有何区别？

我做了个办公管理软件，里面建了常用软件的启动按钮，其实就是单击按钮后通过process组件，调用相关软件的启动进程。
问题来了，我的一些常用软件是用来远程上传下载文件的（在区域局域网内使用），平时都好，通过在硬盘上直接双击相关软件的*.exe文件都好用的，但是如果通过我编的软件，以process组件启动常用软件的*.exe，也能出现软件的介面，一些功能也好用，但是涉及到上传下载文件时，就不能正常运行了。
我的常用软件在执行上传下载文件时是通过执行一些批处理文件的，下载文件成功后会跳出“下载成功”的提示框，但是只要用我写的软件启动的上传下载软件，在执行过程中，批处理一闪而过，看不到过程，而且也没有“下载成功”的提示框（正常情况下批处理文件应该会停留2到3秒）。