小弟初学JAVA，请高手指点迷津

楼主先从JAVA基础学起吧，这些概念一查便知。
就回答你第四个问题吧：myeclipse4.1－－J2EE集成开发环境，目前很流行。hibernate3－－将对象持久化，也是开源的。struts1.2－－开源的MVC框架，非常适用大型WEB应用，目前也很流行。JBOSS－－开源的J2EE服务器，和你用的TOMCAT是一类的。
具体是什么还要楼主自己了解的，不是一二句就能说清楚的。