文件结构问题

我基本属于菜鸟级别，现在在做一个类似飞信的的程序，对于文件的的结构，感觉很是混乱。
我看到很多比较完整的例子里面，文件都分的特别清楚，比如页面是一个文件，数据库连接是另一个页面等等，而群殴自己写的程序大多功能混在一个文件内，请问这样的话，在后期会不会出现问题，会不会在半路必须修改文件结构？