网站文件的安全性是要你通过操作系统来设置的,与PHP本身没有什么关系。
如果要给用户操作MYSQL数据库的话,可以考虑使用MysqlAdmin,同时改写MysqlAdmin的INDEX.PHP文件,在这个文件上加一个用户认证的程序(用户信息可以添加到数据库中),这样既方便又可以实现保密.
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