如何实现用一个程序去控制另一个程序？

各位高手，请教一个问题，如何用一个程序去控制另一个程序？举个例子，我有一个应用程序，打开后必须手动选择配置文件，然后手动点击“运行”。我想写一个程序，对该应用程序进行自动控制，自动选择指定配置文件，然后自动运行。
我知道这是可以实现的，可是没做过，没有思路，请高手赐教。