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    上网查了一些资料,比较总结了一下,可能会对你有帮助。现在一直用Webapplication方式,感觉比较好用,适合相对较大一些的系统。WebSite模式也就是“新建网站”,比较适合中小型企业网站,下面具体介绍下。WebApplication编程模型的优点:●网站编译速度快,使用了增量编译模式,仅仅只有文件被修改后,这部分才会被增量编译进去。●生成的程序集
    新建网站与新建Asp.net Web应用程序的区别,WebSite:生成随机的程序集名,需要通过插件WebDeployment才可以生成单一程序集
    WebApplication:可以指定网站项目生成单一程序集,因为是独立的程序集,所以和其他项目一样可以指定应用程序集的名字、版本、输出位置等信息●可以将网站拆分成多个项目以方便管理●可以从项目中和源代码管理中排除一个文件●方便的支持VSTS的Team Build方便每日构建●更强大的代码检查功能,并且检查策略受源代码控制●可以对编译前后进行自己规定的处理●对App_GlobalResources 的Resource强类支持(网上说的,还没有了解过)●直接升级使用VS2003构建的大型系统WebSite编程模型的优点:●动态编译该页面,马上可以看到效果,不用编译整个站点(主要优势)●同上,可以使错误的部分和使用的部分不相干扰(可以要求只有编译通过才能签入)●可以每个页面生成一个程序集(一般不会采用这种方式)●可以把一个目录当做一个Web应用来处理,直接复制文件就可以发布,不需要项目文件(适合小站点)●可以把页面也编译到程序集中(应该用不到,而且WebApplication也可以通过WebDeployment插件来实现)两种编程模型的互相转换:新建网站与新建Asp.net Web应用程序的区别,VS2010 SP1内置了转换程序,可以非常方便的从WebSite转换到WebApplication,只需要复制文件,右键执行“转换为Web应用程序”即可。新建网站与新建Asp.net Web应用程序的区别,暂时未查到有专门的反向转换工具,但比较后发现如果转换也非常简单,删除所有*.designer.cs,将*.aspx、*.ascx、*.master页面文件中的 Codebehind="******.aspx.cs" 批量替换成CodeFile="******.aspx.cs",这样就可以转换回来了。
    转自http://www.cnblogs.com/jianglan/archive/2012/02/28/2371064.html