IIS下web.config何去何从的问题！！！

有一个大型的系统 以前是用asp做的
后来添加了一些小的模块是用asp.net做的
做完之后部署呢就发现webconfig 文件就不能放在
根目录下了 因为引用了许多插件之类的东东所以就出现：“/”应用程序中的服务器错误。
--------------------------------------------------------------------------------配置错误 
说明: 在处理向该请求提供服务所需的配置文件时出错。请检查下面的特定错误详细信息并适当地修改配置文件。 分析器错误消息: 在应用程序级别之外使用注册为 allowDefinition='MachineToApplication' 的节是错误的。如果在 IIS 中没有将虚拟目录配置为应用程序，则可能导致此错误。源错误: 
行 69:  </connectionStrings>
行 70:  <system.web>
行 71:  <sessionState mode="InProc" cookieless="false" timeout="120"/>
行 72:  <!-- 
行 73:             设置 compilation debug="true" 可将调试符号插入
这样的信息、我想请问有什么办法可以解决这个问题？？？？