两个WEB应用程序如何一起打包

谁搞过将.NET WEB程序打包，我现在是这样的，有两个WEB应用程序需要一起打包，打完包后，安装，安装完毕后IIS下按我的要求该会出现两个站点，其中一个是另个的子站点，也就是一个是主一个是从，但是我用微软vs.studio的打包不能满足我现在的要求，并且微软的打包不能让客户设置安装目录，默认都是c盘下的WWWROOT下，这个让我很郁闷，（我用的是vs.studio2008因为我们的程序用的都是用2008下开发的），请问谁有办法或者谁有好的打包软件，容易学的打包软件。请教各位了，绝对给高分，绝对给高分