把用户上传文件的文件夹放在网站下了

网站目录下建个文件夹"Upload"，上传上来的文件就在这个文件夹下。
结果，时间长了，用Microsoft Visual Studio.Net(VS2005/2008)打开这个网站，会很卡，搜整个工程的内容的时候，这些文件也包含进来了，怎么不删除这些文件，又让它们不属于这个工程呢？