用VS打开解决方案（感觉莫明其妙的）

Question

今天从VSS上下载了一份源码，ARA_BPMS下包含ARA_BPMS、ARA_BPMSWebUI两个文件夹，ARA_BPMSWebUI下是系统的页面文件等，
我用VS2005打开解决方案，结果一看，ARA_BPMS文件夹里自动生成了ARA_BPMSWebUI文件夹（复制了ARA_BPMSWebUI文件夹下所有内容），好几次遇到这样的问题了，不知道怎么回事，要怎么解决？？
有时，我先把虚拟目录在ISS中建好，好像不会出现这个问题，但我就是不明白这是怎么回事，有明白的能解释下吗？
以后要怎么解决此类问题？