关于二级域名在IIS服务器上指向目录问题

我现在有个网站如：www.abc.com,还有个二级域名User.abc.com.程序解决方案中为了管理分别建立了两个文件WebUU和User，我在IIS中建立了两个站点一个是WebUU一个是User,我现在在IIS中将目录分别指向两个文件夹得时候问题出现了，BIN和web.config等等公共得东西不能共用了，难道我在程序中得分别把bin和web.config拷贝到WebUU和user文件夹下嘛。
各位有什么好得解决方法嘛，头一次部署网站！！！！