[请教]关于WEB服务的一些疑问，应用程序和服务有什么不同？

最近做了一个WEB服务，其中有一个存储过程老是超时，本来想着可能是存储过程的问题，改进了一些之后，发现还是超时，后台运行才3秒，客户端无论如何都超时，到现在仍然没有解决，如果有哪位大哥知道请告诉下小弟，闲话不提，研究这个问题的过程中，从网上查询到，超时可以有个时间设置，在web.config文件中设置，这又发现了一个新的问题：我的WEB服务怎么没有web.config文件？于是又查，才发现另一个问题，我新建网站，新建的是asp.net web服务，但从网上搜索到的东西来看，似乎是asp.net web服务应用程序，又知SP1才能创建。请教各位大哥，这个asp.net web服务和asp.net web服务应用程序有什么区别？顺便提下：以上是VS2005的问题，VS2010没有这个问题。