菜鸟再求助

用iis发布网站的时候，一个站点下有多个虚拟目录，每个虚拟目录都有自己的web.config文件，合并成一个web.config文件是不可能的了，因为太多不同的配置了。把虚拟目录转成应用程序就发布成功了，这样做有什么不好吗？网上看到过这样做有点不好，但是又忘了。不转成应用程序的话，老是说web.config有错，听说可以消除虚拟目录与根目录web.config的继承关系，但是我的根目录没有web.config，而且也试过一下在根目录新建一个web.config，不过不成功。各位指导一下！