网站程序怎样加密啊?

请问几个问题：
1、各位大哥，你们写的网站程序是原模原样的上传到服务器呢，还是经过什么编译呀加密呀然后才上传到服务器啊？
2、我下载了一个加密软件maxtocode，说是可以加密C#代码，好像只能打开dll和exe两种文件。C#代码是以.cs为后缀，要怎么打开呀，难道得先把.cs代码经过什么过程，让其后缀变成dll或exe吗？如果是，那么要用什么方法才能使其后缀名变成dll或exe呢？