如何提取序列

Question

求各位老大 帮帮忙  我现在有这样一个文件  内容大致如下（两个横线内的内容）——————————————————————————————————————
HEADER    VIRAL PROTEIN                           15-DEC-97   1A1R              
TITLE     HCV NS3 PROTEASE DOMAIN:NS4A PEPTIDE COMPLEX                          
COMPND    MOL_ID: 1;                                                            
COMPND   2 MOLECULE: NS3 PROTEIN;                                               
COMPND   3 CHAIN: A, B;   
...
...
ATOM      1  N   VAL A  55      94.186  42.391  51.819  1.00 32.85           N  
ATOM      2  CA  VAL A  55      92.743  42.519  51.462  1.00 30.82           C  
ATOM      3  C   VAL A  55      91.928  41.817  52.527  1.00 30.32           C  
ATOM      4  O   VAL A  55      92.271  40.715  52.954  1.00 31.39           O  
...
___________________________________________________________________文件很长 我想  “提取以ATOM开头的那一行   在VAL 和 55 中间的 那个A”有点绕口  不知道说明白没 
由于文件比较大  所以要求点速度  自己写了个 但是有点慢  不知道各位老大有啥办法 帮帮忙 谢谢了！

Answer 1

ps： ATOM 和1之间的空格为4个 其余的空格为1谢了 ~

Answer 2

先提取以ATOM开头的行，然后再寻找VAL和55。

Answer 3

using System;
using System.IO;namespace Skyiv
{
  class Program
  {
    static void Main()
    {
      using (TextReader r = new StreamReader("input.txt"))
      {
        string s;
        while ((s = r.ReadLine()) != null)
        {
          if (s.StartsWith("ATOM"))
          {
            int m = s.IndexOf("VAL ");
            int n = s.IndexOf(" 55");
            if (m > -1 && m < n)
            {
              Console.WriteLine(s.Substring(m+4, n-m-4));
            }
          }
        }
      }
    }
  }
}

Answer 4

谢谢  不过我补充个问题 如果说文件时这样子的：—————————————————————————————————————— 
HEADER    VIRAL PROTEIN                           15-DEC-97   1A1R               
TITLE     HCV NS3 PROTEASE DOMAIN:NS4A PEPTIDE COMPLEX                           
COMPND    MOL_ID: 1;                                                             
COMPND   2 MOLECULE: NS3 PROTEIN;                                                
COMPND   3 CHAIN: A, B;    
... 
... 
ATOM      1  N   VAL A  55      94.186  42.391  51.819  1.00 32.85           N   
ATOM      2  CA  VAL A  55      92.743  42.519  51.462  1.00 30.82           C   
ATOM      3  C   VAL A  55      91.928  41.817  52.527  1.00 30.32           C   
ATOM      4  O   VAL A  55      92.271  40.715  52.954  1.00 31.39           O 
ATOM      5  C   ASD A  73      91.928  41.817  52.527  1.00 30.32           C   
ATOM      6  O   GHJ A  77      92.271  40.715  52.954  1.00 31.39           O  
... 
___________________________________________________________________ 
注意最后两行 A 的左右两侧不是固定的值 应该怎么改啊 嘿嘿  虚心求教~！