关于生成安装文件问题???高手请进,,,急.....

情况是这样的:
我现在是用.net自带的打包工具进行打包,但问题是打包时为什么都要将原来要打包工程再生成一个新的.exe然后再打包成一个setup.exe文件.
因为:我将原来的工程生成了一.exe文件后.对此文件进行加密,打包时想用这个加过密的文件打包进去,
但现在的问题是,生成打包文件(setup.exe)时,会自动再生成一个新的.exe,将我原来加过密的.exe复盖后将此新文件打包进去.
请问如何才能不让生成安装包时不生成新在.exe文件.