如何将.net程序直接编译成机器代码？

不可以吧，只能编译成中间代码，运行时才编译为机器代码。
但是有一写软件可以把中间代码进行一些诸如代码混淆等处理，使得反编译变得非常困难，常用的软件有XenoCode、Visual Studio 自带的Dotfuscator 等等。