XmlDocument doc = new XmlDocument();
doc.Load(@"e:\1.xml");
XmlNodes nodes = doc.SelectNodes("//Reference");
XmlNode nodeParent = null;
foreach(XmlNode node in nodes)
{
   nodeParent = node.ParentNode;
   nodeParent.RemoveChild(node);
}XmlElement ele = doc.CreateElement("Reference");
ele.Attributes["Include"] = "System.IO";
nodeParent.AppendChild(ele);
doc.Save(@"e:\1.xml");