用C#写的WebForm程序能否编译,我的目的是不让别人看不到源代码,还有其他方法吗 ？

首先代码不要放在aspx中，而是放再它对应的aspx.cs中，然后编译成dll。只需要将aspx和dll放在对方服务器上，而不要把cs文件也放上去。这样别人就看不到cs文件中code拉。
不过，即便如此，别人也很容易反编译你的dll成为IL文件，所以要想真正保密，还需要使用混淆器（vs.net2003附带了）来混淆你的dll或者exe文件。