eclipse只是一个ide,一个辅助的编辑环境,tomcat是一个可以运行jsp,servlet等的服务器,这2个之间没有任何必然的联系如果要运行j2ee项目,必须要用j2ee服务器
如果要运行java的普通程序,只要写了main方法,在有jdk的环境下编译通过,在兼容的jre下就可以运行其.class文件
可以用eclipse直接运行单独的应用程序eclispe的使用和多数ide差不太多,如果楼主没用过的话,网上搜一下,n多,配置方面看它的网站有最低的要求和推荐配置