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针对你的情况,你大可不必这样猜疑,在你的系统中,貌似缺少关键模块的性能日志或者计数功能。建议增加这些关键模块调用的性能日志。比如jdbc的调用性能日志。这样可以帮你排除一些疑点。
另外如果怀疑IO有问题,就进行系统IO的监控,看看磁盘队列或者延迟是多少?要长期的,别感觉慢了才上去,就晚了。