tomcat自动关闭

做了一个web service 其中有一个类通过Runtime调用一些命令行的命令，另外一个类获取执行结果，也就是读取最后的屏幕输出，如果有错误就抛出RuntimeException，但是实际中却发现，运行错误的时候tomcat也自动挂掉了。 
tomcat日志： 
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2009-7-2 11:06:59 org.apache.catalina.startup.Catalina start 
信息: Server startup in 3266 ms 2009-7-2 11:07:03 org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol pause 
信息: Pausing Coyote HTTP/1.1 on http-9000 
2009-7-2 11:07:04 org.apache.catalina.core.StandardService stop 
信息: Stopping service Catalina 
2009-7-2 11:07:04 org.apache.catalina.core.StandardWrapper unload 
信息: Waiting for 1 instance(s) to be deallocated 
2009-7-2 11:07:05 org.apache.catalina.core.StandardWrapper unload 
信息: Waiting for 1 instance(s) to be deallocated 
2009-7-2 11:07:06 org.apache.catalina.core.StandardWrapper unload 
信息: Waiting for 1 instance(s) to be deallocated 
2009-7-2 11:07:07 org.apache.coyote.http11.Http11BaseProtocol destroy 
信息: Stopping Coyote HTTP/1.1 on http-9000 
2009-7-2 11:07:07 org.apache.catalina.core.AprLifecycleListener lifecycleEvent 
信息: Failed shutdown of Apache Portable Runtime 
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有没有办法解决