别问了，我前段日子用google和baidu都搜遍了，也没有找到相关的中文文章，E文也没有你说的打包功能，网上都说能打在一起，可谁也没给出打包的具体例子。
经过我自己的研究，试了试确实能打在一起，你就按照他普通的打包方法,InstallAnywhere能自动把jre打进去，剩下的就是tomcat,和jdk了。我只能给你点提示：
1.tomcat要下载解压有能用的，不要安装程序。
2.jdk直接考贝安装后的就可以。
3.不用把环境变量加到windows中,你要手动的配置tomcat和jdk的关系。
4.把网站文件直接放到tomcat的相关目录了，并找配置好的tomcat和jdk当做文件夹打入到程序中。
接下了就看你自己的了，我也就只能帮到这里了。
经过我自己的研究，试了试确实能打在一起，你就按照他普通的打包方法,InstallAnywhere能自动把jre打进去，剩下的就是tomcat,和jdk了。我只能给你点提示：
1.tomcat要下载解压有能用的，不要安装程序。
2.jdk直接考贝安装后的就可以。
3.不用把环境变量加到windows中,你要手动的配置tomcat和jdk的关系。
4.把网站文件直接放到tomcat的相关目录了，并找配置好的tomcat和jdk当做文件夹打入到程序中。
接下了就看你自己的了，我也就只能帮到这里了。
只要在tomcat中startup.bat加入set JAVA_HOME=../../jdk这名就可以了，修改后的文件如：
@echo off
set JAVA_HOME=../../jdk
if "%OS%" == "Windows_NT" setlocal
rem ---------------------------------------------------------------------------
rem Start script for the CATALINA Server
..........
记住一定要用相对路径呀，上面的配置要求你的tomcat和jdk在同一目录下
先将Java、Tomcat、MySQL和项目文件都复制到一个目录里面。该目录下有以下东西：
[apps] - 存放项目文件
[jdk1.6.0_13] - Java的jdk文件
[mysql-5.0.86-win32] - MySql非安装版
[apache-tomcat-5.5.20] - Tomcatz绿色非安装版
2） 编写两个批处理文件，分别为“install.bat”和“uninstall.bat”，放在目录根路径下。
install.bat内容：其中
call %1%/m>call %1%/mysql-5.0.86-win32/bin/mysqladmin -h localhost -u root password 1修改密码为1
内容如下:
set JAVA_HOME=%1%\jdk
set CATALINA_HOME=%1%\apache-tomcat-5.5.20
call %1%\apache-tomcat-5.5.20\bin\service install Tomcat
net start Tomcat
call %1%\mysql-5.0.86-win32\bin\mysqld install MySQL
net start MySQLnet start MySQL
net start MySQL
call %1%/mysql-5.0.86-win32/bin/mysqladmin -h localhost -u root password 1
uninstall.bat内容：
set JAVA_HOME=%1%\jdk
set CATALINA_HOME=%1%\apache-tomcat-5.5.20
net stop Tomcat
net stop MySQL
call %1%\apache-tomcat-5.5.20\bin\service remove Tomcat
call %1%\mysql-5.0.86-win32\bin\mysqld --remove MySQL
再编写一个批处理文件导入数据库 名子叫createbase.bat(下面两句一个意思，要一个就可以了)
@echo off
call %1\mysql-5.0.86-win32\bin\mysql -hlocalhost -uroot -p1 <%2\mysql-5.0.86-win32\db_full_back.sqlcall %1\mysql-5.0.86-win32\bin\mysql -hlocalhost -uroot -p1 <%2\mysql-5.0.86-win32\bin\db_full_back.sql
3） 建立Project
打开InstallAnywhere 2009 Enterprise，建立Baisc Project Template，然后选择Advanced Designer，设置Title, Name等。
4） 本地化语言
菜单Project>Locales>，选择需要的本地化语言。
5） 设置环境变量
菜单Install>，按钮Add Action...>Set System Environment Variable>Add>，设置JAVA_HOME和CATALINA_HOME,CATALINA_DIR,PATH 四个系统环境变量。
其中$USER_INSTALL_DIR$表示用户选择的安装路径。
JAVA_HOME
$USER_INSTALL_DIR$\jdk
CATALINA_HOME
$USER_INSTALL_DIR$\apache-tomcat-5.5.20
CATALINA_DIR
$USER_INSTALL_DIR$\apache-tomcat-5.5.20\bin
PATH
$USER_INSTALL_DIR$\jdk\bin\;C:\windows\system32
然后把jdk,tomcat,mysql 通过按钮Add Files...添加进来放在 User Install Folder直接目录下
6） 注册服务
菜单Post-Install>，按钮Add Action...>Execute Command>Add>，在安装完成后执行install.bat，注册Tomcat和MySQL服务。
其中Command Line: cmd /c $USER_INSTALL_DIR$\install.bat $USER_INSTALL_DIR$
cmd /c表示执行指定的命令并中断。
$USER_INSTALL_DIR$是传递给install.bat中%1%的参数。
同样添加按钮Add Action...>Execute Command>Add>，在安装完成后执行createbase.bat，导入数据库
其中Command Line:
cmd /c $USER_INSTALL_DIR$\createbase.bat $USER_INSTALL_DIR$ $USER_INSTALL_DIR$
并且，选中Options中的3个选项。
将该Execute Command移动到Panel: Install Complete前面。
7） 让安装完成后启动浏览器，自动打开项目
菜单Post-Install>，按钮Add Action...>Launch Default Browser>Add>
在Other URL: 填入项目地址 http://localhost:8080/rpss
讲该Launch Default Browser移动到Panel: Install Complete后面。
8） 反安装
菜单Pre-Uninstall>，按钮Add Action>Execute Command>Add>。
Command Line: cmd /c $USER_INSTALL_DIR$\uninstall.bat $USER_INSTALL_DIR$
将该Execute Command移动到第一个。
选中Options中的3个选项。
9） 打包
菜单Build>，按钮Build Project>，等待InstallAnywhere打包完成。
完成以后，按钮Open in Explorer>，文件夹Web_Installers>InstData>Windows>VM>，setup.exe就是完成的安装文件包。转自http://blog.sina.com.cn/s/blog_4d19b6210100g3gl.html