请教一个关于读写xml文件的问题，请高人指点

我的xml文档结构：
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?>
<!DOCTYPE versions SYSTEM  "versions.dtd">
<versions>
   <version id="11">
       <number>11</number>
       <date>
           <year>2006</year>
           <month>12</month>
           <day>8</day>
       </date>
       <files>
          <file>
             <name>class.jar</name>
             <size>123456</size>
             <path>/export/home/mym/class.jar</path>
          </file>
       </files>
   </version>
</versions>
下面是我的DTD文件结构：<!ELEMENT versions (version*)>
<!ELEMENT version  (number,date,files)>
<!ELEMENT number  (#PCDATA)> 
<!ELEMENT files (file+)>
<!ELEMENT date (year,month,day)>
<!ELEMENT year (#PCDATA)>
<!ELEMENT month (#PCDATA)>
<!ELEMENT day (#PCDATA)>
<!ELEMENT file (name,size，path)>
<!ELEMENT name (#PCDATA)>
<!ELEMENT path (#PCDATA)>
<!ELEMENT size (#PCDATA)>
<!ATTLIST version id ID #REQUIRED> 用java 操作dom来添加或者删除一个version元素时，xml文件就会丢失关于dtd的信息，比如，我把id是“11”的这个version删了，xml文件就会变成：<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<versions>
</versions>这样的话下次我就没法继通过id来删除元素了，请问各位高人，这是怎么回事？谢谢