java应用程序出现暂停的情况

大家好，我在windows命令窗口运行一个java应用程序，这个程序会在窗口隔一定时间不断打印出一些信息。
但是当我用鼠标在命令窗口右击，选择"Select All"后，程序停止了打印信息，本来是每隔1秒钟打印一次信息，但是程序暂停了有2分钟后，又开始继续打印信息，请问这是什么情况？还有，为什么我的程序在命令行跑时，如果环境正常，可以一直跑下去，但在我自己的GUI窗口启动运行时，跑几个小时就挂起了，从工具中看到有内存占用增加的情况。