eclipse中,在同一个.java文件里写多个类,或者每个类都用一个.java来写,两者有什么区别?

创建类的时候,一般都是菜单栏里面new-class,新建一个.java文件,这样每个类都是一个.java文件.
可是好像把几个类写在同一个文件里面好像也可以.前者编译的时候,一次只编译一个文件.我学习的时候是这样感觉的,ctrl+F11,就运行当前写的代码了.别的.java文件的代码都不会运行.
后者的话,可以把所有的都编译,是吗?我不知道是不是按一个一个类来编译的.....只能像上面这么想了.如果写一个大的项目,要用到很多类甚至几个包,那怎么同时编译所有的呢?
还有就是权限的问题,private,public之类的,总感觉写在一个.java文件里面的两个类是很"亲密"的关系.