java调用ffmpeg转换视频

我在用java调用ffmpeg转换视频为flv格式以后   遇到一个大问题？比如用户同时上传很多个视频  我怎么一个一个来转   我是当用户上传完一个以后 转一个  还是  同时转换多个 ！这个思路 请大家说说！我现在的想法是想开辟一个线程来专门执行转换    并且每一次只能执行一个  执行一个完成以后 再删除相应格式的视频 再扫描目录里 是否还有没有转的视频  再继续转？可是代码不太清楚怎么写  请大家说说大家的想法？