This really depends on what you Applet wants to do.  If the Applet is written using Swing, MS's Virtual Machine does not support Swing.  If you use pure AWT, MS Virtual Machine can run it.  You don't need JRE.  Note MS Virtual Machine is a lot faster than JRE.
To run JRE, you need to go to Control Panel -> There is an icon to setup JRE so that it will replace the default MS Virtual Machine.