Java程序如何和C程序协同工作？？

你到底要做什么？不懂
是单机类型的程序呢还是CS类型的程序。
首先用C做底层是不是用C作DLL，如果是的话就不用想什么系统移植了，在Windows和Unix的C代码差异较大，要编译就能用，估计难。
如果是客户端服务器程序，服务器有Windows和Unix，用java最好了，没有办法用C作。
所以感觉你的设想有点颠倒，java就是用来做可移植服务器程序的，而C作不用移植的程序要好，用来设计界面不错。所以觉得你刚刚搞反了。