请教一个版本控制问题

大家好，
请教一个问题
现在项目组有个项目J2EE+Flex进行开发。
版本控制软件采用svn问题来了，Flex选择Java作为数据源的时候，需要配置服务器的参数，比如根目录等。
但是开发人员之间的安装路径不同，一个人配置后，同步到svn服务器，另外一个人同步后不能运行。请问java+flex开发，是整合为一个项目开发比较合适，还是分开两个项目管理比较方便？
怎么才能解决上述这个版本控制的问题。
谢谢