java timeout

大家好，我现在遇到这样一个问题。在unix下，让java 调用rexx执行某个操作，这里的rexx是作为一个线程，启动的。每次运行玩都会报time out但是相应的功能都能完成.但是把这个模块放到web项目里，就完全不好使了。哪位大哥指点一下？