如何使eclipse生成的jar文件文件夹格式不变

用Swing写了一个小程序，在eclipse中的文件结构是这样的：
，然后用eclipse打jar包，生成jar文件后，文件夹结构 目录是这样的：
我在程序中用硬编码写了读取某一个配置文件，运行时报错：
是因为两个文件的文件结构不一样，我知道改硬编码就能解决这个问题，但是有没有办法使用Eclipse中的文件夹结构来打jar包？