eclipse的source folders on build path和default output folder的问题

两个项目修改了source folders on build path和default output folder 后
一个项目能够吧class和java文件完全分开
class到default output folder里，java到source folders on build path里，这个是对的吧？
另一个结果是吧class文件归到default output folder里了， 而source folders文件夹里还是混合class和java文件
是什么原因？