如何到处java工程？

现在我再做了一个SE的东西，用MyEclipse 做的，其中包含一大堆的java文件和几个配置文件
MyEclipse 只能导成jar包的方式，这样我的配置文件就不能时时修改了，我想做的内容就是class文件导成什么样子没关系，直接class也好，jar也好，但是配置文件要放在外面
我希望的形式是如下目录格式
My Project\
           bin\
               start.bat
               down.bat
           lib\
               所有工程用到的外部jar包
             config\
                  config.xml
                  servoce.xml
                  commander.xml
                  ...
                  其他我自己写的配置文件
             其他目录\
           ...
           源文件之类这个怎么实现？