为什么同样的Java程序在linux下运行要比windows慢那么多？

最近刚装上Fedora Core 6，里面附带了java-1.4.2的SDK
但发现Linux中运行java程序超慢。一个用于分析java字节码的程序在windows xp下只需2分钟，到了linux下就需要花费将近20分钟的时间，简直让人难以忍受。windows下装的java SDK也是1.4.2版本的。
请问各位：这主要是由什么原因造成的？如何优化Linux下java的执行速度？